Salvia est indigène à la région de la Sierra Madre, Oaxaca, Mexique. Dans cette région, les curanderos et curanderas des indiens mazatèques l’utilisaient dans leurs rituels. Ces chamans employaient la plante surtout quand ils voulaient découvrir la cause d’une maladie dans le monde surnaturel. Ils entraient dans une transe visionnaire qui permettait de voir les démarches à entreprendre pour guérir un malade. L ‘usage de salvia est toujours courant parmi la génération actuelle, tout comme l’usage chamanique pour la divination, la méditation et le contact avec le surnaturel.
L’usage de Salvia divinorum avant sa « découverte » par l’occident au XXe siècle est peu connu. Il est probable qu’il date depuis il y a longtemps, mais ce n’était qu’aux années 60, quand R. Gordon Wasson, le célèbre botaniste qui a également introduit les champignons psilocybe au monde occidental, avait rapporté un espèce, que la plante est devenue l’objet de recherches scientifiques. Pourtant, la salvia est restée une plante obscure jusqu’aux années 90, quand Daniel Siebert a commencé à l’étudier. Aujourd’hui, la salvia est une plante généralement connue et en vente chez beaucoup de boutiques et sites internet. En même temps, il reste beaucoup de recherches à faire sur la chimie et les effets de la salvia.
Les recherches scientifiques modernes sur la Salvia divinorum ont commencé pendant les années 30. Sa première apparition dans la littérature occidentale était en 1939. Jean Basset Johnson, qui menait une étude sur les champignons hallucinogènes du Mexique, rapporte que les Indiens mazatèques utilisaient des feuilles de la « Hierba Maria » pour provoquer des visions. R. Gordon Wasson a continué ces recherches aux années 1950 et a confirmé la psychoactivité de la plante. C’est lui, avec Albert Hoffman, découvreur du LSD, et Roberto G. Weitlaner, qui a rapporté les premières espèces vivantes aux Etats-Unis. En 1962, ces espèces ont été analysées par Carl Epling de l’Université de Harvard.
Les origines de l’usage de salvia par la population indigène du Mexique ne sont pas connues. Certaines sources suggèrent que la plante a été introduite après la conquête du nouveau monde. Il y a des preuves qui semblent soutenir cette hypothèse. Les Mazatèques n’ont pas de nom indigène pour la plante. Ils utilisent des noms qui renvoient à la Sainte Marie ou aux moutons (“Hierba Maria” ou “ska Maria Pastora”), qui ont tous les deux été introduits par les Espagnols. En plus, les Mazatèques utilisent une méthode d’ingestion qui est relativement inefficace, ce qui fait supposer qu’ils ne se rendent pas compte de l’énorme puissance psychoactive de salvia.
Pourtant, R. Gordon Wasson, et d’autres après lui, ont suggéré que la Salvia divinorum était peut-être la même plante que les Aztèques nommaient « Pipiltzintzintli » (littéralement « le petit prince le plus pur ») et qui est décrit par un auteur espagnol du XVIIe siècle. Aux années 1980 le scientifique J. Valdés III a continué à étudier l’histoire de la salvia avant la « découverte » de Wasson. Il suggère que « Pipiltzintzintli » n’est probablement pas la salvia, mais plutôt le cannabis.